W 1834 r., kiedy doszło do kasaty klasztoru, Kościół Klarysek stał się własnością miasta. Świątynia od tej pory mieściła wagę miejską, magazyn wyrobów spirytusowych, a w 1872 r. zaadoptowana została na remizę strażacką.
Następnie, z inicjatywy Hermana Frankego, emporę chóru przeznaczono dla potrzeb Towarzystwa Historycznego Obwodu Nadnoteckiego. Gromadzone i eksponowane tutaj zbiory stały się zalążkiem obecnego muzeum.
Zobacz również:
-->> Kościół Klarysek
-->> Zabytki w Bydgoszczy